Lan Hikari - 13 anos - é o personagem principal, que sonha em destruir os vírus e os NetNavis maliciosos - NetNavi: MegaMan
Dex - 14 anos - amigo de Lan, mas sonha em derrotar seu NetNavi, ele ajuda Lan nas batalhas contra os vírus - NetNavi: GutsMan
Mayl - 13 anos - também amiga de Lan, e também ajuda ele nas batalhas - NetNavi: Roll
Um dia, Lan Hikari estava dormindo em seu quarto, quando ouve um estranho barulho vindo de seu computador. Sim, eram os vírus novamente, e agora Lan conta com seus amigos para derrotá-los e salvar a humanidade.