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Red foi uma lenda no mundo pokemon, mas depois de destruir a Equipe Rocket em Kanto e enfrentar o desafio da Elite ele desapareceu, sendo visto apenas uma vez por outro treinador em outra região. Gold conseguiu impedir a equipe vilã de se reerguer derrotando eles com a ajuda de Lance, mas Giovanni não foi encontrado. Com o tempo as coisas mudaram em Kanto, os bandidos não mais unidos sob um líder e a polícia despreocupada causaram uma onda de crimes que restringiu o uso de pokemons a três por pessoa e a idade mínima para iniciar uma jornada se tornou dezesseis. Mas alguns anos depois, alguém retorna para reunir a Equipe Rocket novamente, dessa vez por outro objetivo, e dessa vez é dever de outros treinadores dar fim a equipe antes que eles dominem toda região.