Após o surgimento de um vírus misterioso, vários digimons começam a passar por diversas transformações, adquirindo o Anticorpo-X. Yggdrasil, em um ato radical, ordena a morte de todos esses digimons.
Assim que a ordem de Yggdrasil chega aos ouvidos dos digimons com o Anticorpo-X, estes reagem construindo uma fronteira que os separariam dos digimons comuns, o que gera uma onda de revolta entre os outros digimons.
Com a visível chegada de uma guerra, os Cavaleiros Reais ficam apreensivos e a ignorância de Yggdrasil aos fatos faz explodir uma revolta interna que termina com várias baixas e a corrupção de diversos membros da ordem que se juntaram aos Sete Grandes Lordes Demônios e que passariam a desolar o Digimundo.
Um dos últimos sobreviventes vê como única esperança o mundo humano e então passa a responsabilidade para um grupo de humanos que terão como responsabilidade o dever de salvar o Digimundo da sua eminente destruição.