Vinte anos após a criação dos ISs, foram encontrados mais núcleos para os IS, uma energia mais forte, a quarta geração estava no auge, até então Ichika foi o único homem que conseguiu se conectar com um IS. Mas algo aconteceu, dois garotos, também conseguiram. E agora, também irão se aventurar na fantástica e tão idolatrada Academia Infinite Stratos dez após Ichika ter tido a primeira aula, eles também terão a deles. Mas justo no ano que eles estavam estudando a Orimura-sensei...