Em 1917,Os irmãos Elric conseguiram derrotar o Pai de todos os homúnculos e conseguiram reaver seus corpos, ambos passaram a viajar e com o tempo, se fixaram com suas famílias.

Noventa e seis anos depois, Amestris está consolidado em um estado pacífico onde o exército não é mais uma força tão influente. Ciência tradicional e alquimia caminham lado a lado para o progresso da nação, e é nesse cenário onde se encontra Selim Bradley, o último homúnculo.

Ele deve evitar um misterioso novo grupo de inimigos com terríveis planos para o mundo, tudo isso enquanto conhece novos aliados e enfrenta seus própios demônios em sua nova jornada.