Alguns anos depois dos acontecimentos com a Macross Frontier, a Macross Trinta está em viagem pelo espaço sideral a procura de um planeta para habitar.
Mas nessa Macross existe um Zentradi que se reduziu ao tamanho de um humano para poder pilotar uma Valkyrie, mas nesse meio tempo ele se apaixonará por alguém, apesar de ficar com uma certa dúvida sobre se devia se apaixonar por essa pessoa...