A 2º Geração de seres humanos chega a Zion. Com a retomada esperança inabalável dos humanos, pela conquista da doca novamente eles querem mais: O controle do planeta.
Há rumores de que agora existe um segundo Escolhido que irá destruir o cultivo humano e dizimar Deus Machina.
Matrix agora apresenta uma atualização chamada de Patrix, que além de suas características anteriores, possui um aplicativo que permite acordar pessoas do seu verdadeiro mundo falso, para acordar na verdadeira realidade via online.
A triologia Matrix acabou deixando inúmeros buracos na história: Patrix tende a tapar esse buracos.