O mundo não é mais o mesmo, os treinadores já não são tantos como costumava ser, alguns dos ginásios já fecharam as portas por conta do pequeno movimento, as ligas não são tão freqüentadas, os criadores não vendem mais como dantes, os especialistas com medo de serem seqüestrados não divulgam as suas pesquisas, as rotas estão praticamente desertas, os jovens não se aventuram pelas florestas, montanhas, rios ou cavernas a procura de fazer mais um amigo. O pior as crianças já não tem a visão que seus pais tinham ao completar o décimo quarto aniversario.

Este é o mundo de hoje, mas há exatos quarenta anos era diferente. Tudo isso por conta de três organizações criminosas que só tem três coisas em comum. Semelhança um: surgiram do nada todas elas apareceram sem nenhum passado aparente e incrivelmente imponentes. Semelhança dois: aterrorizam as pessoas fazem de tudo por poucas informações, matam pessoas ou pokemons, roubam e destroem. Ultima semelhança: são exímios usuários de monstrinhos de bolso, a força da maior parte de seus membros se equivale a de um treinador de dez anos de experiência, ou seja, em um ataque, em conjunto, até mesmo os mestres devem se preocupar, e os seus melhores membros podem até mesmo destruir a elite dos quatro. Tirando estes três pontos elas são totalmente antagônicas, os nomes destas equipes são: LITHOS, AQUARIUS e ATMOS.

LITHOS, ela exerce atividade praticamente em toda a região de Hoen e a parte leste de Unova, e uma pequena parte de Stelon, em área de dominância é a menor de todas, mas o seu lema é: “quanto mais humilhante a derrota de nossos adversários mais tempo eles se lembraram da nossa superioridade”. A organização LITHOS utiliza pokemons do tipo pedra, do tipo solo e do tipo metal. Em batalha adotam um estilo de ataques poderosos e em um ritmo constante sem se preocupar com os pokemons deles ou os dos seus adversários. Símbolo é uma rocha.

AQUARIOS, ela exerce atividade nas Ilhas Laranja, a maior parte de Kanto e na parte sul de Sinoh e em uma parte de Kalos. O seu lema é: “Adaptar é o principio que a natureza utiliza para separar os fortes dos fracos”. Utiliza principalmente pokemons do tipo água e gelo. Em batalha utilizam de variações de ataque para atingir os efeitos mais devastadores possíveis. Símbolo uma gota de água.

ATMOS exercendo ataques em todas as regiões foi a ultima a surgir com o lema: “não adianta atacar sem conhecer o oponente e nem adianta conhecer o oponente sem atacar” utiliza uma estratégia de observação e estudo para atacar seus oponentes, seus alvos são principalmente treinadores mais fortes e que apresentam pokemons poderosos. Utiliza pokemons do tipo voador. Símbolo uma pena.

As três facções cometeram o pior crime da historia do planeta, elas destruíram a esperança de varias pessoas espalhadas pelos oito continentes. Um tempo difícil onde poucos humanos tiveram o poder de subjugar a maioria dos humanos... Mas não todos, afinal nem todos abaixam a suas cabeças.